Na veřejně prospěšného poplatníka se vztahují některá specifická pravidla, především zvláštní ustanovení o předmětu daně – § 18a. Neziskové organizace jsou například od některých daní osvobozeny.
Úzký základ daně
Předmětem daně jsou vždy příjmy z reklamy, nájmu, členského příspěvku, úroku. Řada příjmů je ale z předmětu daně vyňata, především se jedná o dotace z veřejných rozpočtů a příjem ze ztrátové hlavní činnosti.
Široký základ daně
Předmětem daně jsou všechny příjmy mimo investičních dotací. Široký základ daně mají tito veřejně prospěšní poplatníci:
- veřejná vysoká škola
- veřejná výzkumná instituce
- poskytovatel zdravotních služeb
- obecně prospěšná společnost
- ústav
Osvobozené příjmy
To, že je příjem předmětem daně, ještě neznamená, že se z něj bude odvádět daň, je třeba posoudit osvobození – dle § 19 a 19b. Typickými osvobozenými příjmy neziskových organizací jsou (mimo jiné):
- členské příspěvky dle stanov, statutu, zřizovacích nebo zakladatelských listin
- dary na vymezené účely (veřejné sbírky, dary na vědu, vzdělávání, výzkum, vývoj, kulturu, školství, policii, požární ochranu, podporu a ochranu mládeže, ochranu zvířat, na účely sociální, zdravotnické, ekologické, humanitární, charitativní, náboženské, tělovýchovné a sportovní…) – pokud je toto osvobození uplatněno.
Je důležité připomenout, že pokud je příjem osvobozený či není předmětem daně, nelze uplatnit ani výdaje související s daným příjmem. I proto je důležité vést výdaje vztahující se k jednotlivým typům příjmů odděleně, jak již bylo zmíněno. Výdaje, které jsou společné pro zdanitelné příjmy a příjmy osvobozené či příjmy, které nejsou předmětem daně, je třeba rozdělit dle vhodné kalkulace.
Daňová ztráta
Dle výše uvedeného je zřejmé, že u neziskové společnosti s úzkým základem daně může vzniknout daňová ztráta jen zcela ojediněle, a to v situaci, kdy je ztrátová hospodářská činnost (k čemuž by obecně u neziskových společností docházet nemělo).
U neziskové společnosti se širokým základem daně může být výsledkem i daňová ztráta. Daňovou ztrátu ale podle § 34 odst. 3 nemohou od základu daně v předchozích dvou či následujících pěti letech odečítat obecně prospěšné společnosti, pokud nejsou zároveň vysokou školou či poskytovatelem zdravotních služeb.
Zdanění neziskových organizací v praxi
I přes často kladný základ daně velká část neziskových organizací nakonec nemusí daň platit, a to díky položce snižující základ daně dle § 20 odst. 7.
Díky této položce lze snížit základ daně o 30%, maximálně 1000000 Kč (3000000 Kč v případě veřejné vysoké školy, veřejné výzkumné instituce, či soukromé vysoké školy v právní formě o.p.s. či ústavu), pokud je 30% základu daně méně než 300000 Kč, lze odečíst částku do výše základu daně, až 300000 Kč (1000000 u veřejné vysoké školy, veřejné výzkumné instituce, či soukromé vysoké školy v právní formě o.p.s. či ústavu).
Prostředky získané touto daňovou úsporou musí poplatník využít v následujícím zdaňovacím období ke krytí nákladů prováděných nepodnikatelských činností. Pokud tuto podmínku poplatník poruší, musí v období, ve kterém ji porušil, navýšit základ daně o částku, která odpovídá nevyčerpané daňové úspoře (podle § 23, odst. 3, písm. a), bod 8).
Tuto položku nelze uplatnit u všech veřejně prospěšných poplatníků, zákon některé z nich vylučuje, konkrétně: obec, kraj, poskytovatele zdravotních služeb, profesní komoru a poplatníka založeného za účelem ochrany a hájení podnikatelských zájmů svých členů, kteří nejsou organizací zaměstnavatelů.
Výjimky z povinnosti podat daňové přiznání k dani z příjmu právnických osob:
Zákon o daních z příjmu v § 38mb stanovuje situace, kdy není povinnost podávat daňové přiznání. Týká se to i některých neziskových organizací, konkrétně těch, které mají pouze příjmy, které nejsou předmětem daně, jsou od daně osvobozené nebo příjmy, z nichž je daň vybírána srážkou a zároveň nemá povinnost provést dodanění podle § 23, odst. 3, písm. a), bod 8.
Povinnost podávat daňové přiznání nemá též společenství vlastníků jednotek, které má pouze příjmy, které nejsou předmětem daně, jsou od daně osvobozené nebo příjmy, z nichž je daň vybírána srážkou.